dobra eksploatacja biologicznych oczyszczalni ścieków opartych na metodzie osadu czynnego wymaga analitycznej kontroli cyklu. Znacznym elementem tej kontroli są badania bioindykacyjne, których celem jest identyfikacja zakłóceń , a także źródeł ich powstawania na podstawie wskaźników osadu czynnego.
Wskaźnikami procesów i warunków naturalnych w osadzie czynnym są widoczne pod mikroskopem morfologiczne parametry osadu czynnego takie jak struktura, wielkość i zarys kłaczków osadu czynnego i mikroorganizmy biocenozy osadu czynnego.
Wśród mikroorganizmów znaczenie indykacyjne posiadają tzw. Grupy funkcyjne tj. Drobne wiciowce, ameby nagie i domkowe, orzęski wolnopływające, pełzające i osiadłe, a także wrotki i inne śladowe organizmy wielokomórkowe (Metazoa).
W ocenie jakości osadu czynnego poręczne są też atrybuty osadu do których analizowania nie jest potrzebny mikroskop. Pokaźne są dające się zaobserwować makroskopowo atrybuty t.j.: odcień osadu czynnego, jego zapach, cechy sedymentacyjne i zdolność do wpieniania i mętność cieczy nadosadowej.
Oparta na badaniu składu występujących w osadzie czynnym mikroorganizmów analiza jest niezbędnym, tanim i wiarygodnym narzędziem w praktyce oczyszczania ścieków.