Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu powołano 24 VIII 1945 r., wieńcząc ponad 500-letnie starania o wszechnicę na Pomorzu. Początkowo była to uczelnia dwuwydziałowa, złożona z wydziałów: Matematyczno-Przyrodniczego oraz Humanistycznego. Wkrótce zorganizowano kolejne dwie jednostki: Wydział Prawno-Ekonomiczny (5 XI1945,1948 przemianowany na Wydział Prawa) i Sztuk przepięknych (24 I 1946, wcześniej Sekcja Sztuk ładnych na WH), nie uzyskano natomiast zgody na powołanie Wydziału Farmaceutycznego. W1950 r. Z inicjatywy katedr biologicznych powstały placówki naukowo-badawcze w gospodarstwach rolnych UMK - Koniczynce i Piwnicach.W 1951 r. Nastąpił podział Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego na Wydział Biologii i Nauk o Ziemi, a także Wydział Matematyki, Fizyki i Chemii, W tym samym roku, w wyniku decyzji politycznych, Wydział Humanistyczny został sprowadzony do kadłubowej postaci, a dwa lata później nastąpiła likwidacja Wydziału Prawa. Powołano natomiast jednostki pozawydziałowe: Studium Nauki Języków Obcych i Studium Wychowania Fizycznego. Poprawa nastąpiła w okresie popaździernikowym, kiedy to reaktywowano część kierunków studiów na Wydziale Humanistycznym (archeologia, filologia tradycyjna, filozofia, pedagogika). W1958 r. Wznowił działalność Wydział Prawa.Dalszy rozwój uczelni nastąpił w drugiej połowie lat 60. W 1968 powstał samodzielny Instytut Ekonomiczny (od 1976 - Wydział Nauk Ekonomicznych). W następnym roku przemianowano Wydział Prawa na Wydział Prawa i Administracji. Stopniowo rozszerzała się ilość kierunków studiów, tworzyły się nowe katedry i instytuty; w 1993 r. Z dotychczasowego Wydziału Matematyki, Fizyki i Chemii wyłoniły się: Wydział Chemii, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki używanej oraz Wydział Matematyki i Informatyki, natomiast na bazie instytutów historycznych Wydziału Humanistycznego powstał Wydział Nauk Historycznych. Wydział Nauk Ekonomicznych zmienił nazwę na Nauk Ekonomicznych i Zarządzania.W ostatnich latach rozpoczęły działalność: Wydział Filologiczny (1999), utworzony z instytutów i katedr filologicznych Wydziału Humanistycznego, a także stworzony całkowicie od podstaw Wydział Teologiczny (2001). W 2004 r. Do UMK przyłączono Akademię Medyczną w Bydgoszczy. Powstało w ten sposób Collegium Medicum, złożone z trzech wydziałów: Lekarskiego, Farmaceutycznego i Nauk o Zdrowiu. Ostatnią znaczną zmianą w strukturze uczelni było przekształcenie Instytutu Pedagogiki i Katedry Psychologii Wydziału Humanistycznego w Wydział Nauk Pedagogicznych (2007). Wstęp