W 2013 roku świat, który znamy, spotkała zagłada. Atomowa apokalipsa zmiotła niemal całą ludzkość, zamieniając powierzchnię planety w toksyczne pustkowie. Garstka ocalałych znalazła schronienie głęboko w podziemiach Moskwy, zaczynając nową erę w dziejach ludzkiej cywilizacji, Erę Ciemności.
I tak nastał rok 2033. Pod ziemią narodziło się i dojrzało całe pokolenie. Ufortyfikowane „miasta"– stacje metra – rozpaczliwie starają się przetrwać, tocząc walki pomiędzy sobą, jak i przeciwko przerażającym mutantom z zewnątrz.
Ty nazywasz się Artem. Urodziłeś się na powierzchni w ostatnich dniach przed pożogą, jednak dorastałeś już pod ziemią. Mimo iż nigdy jeszcze nie opuściłeś granic własnej stacji, w wyniku dziwnego zrządzenia losu powierzono ci ważną misję.
Musisz udać się do ścisłego centrum sieci Metra, żeby ostrzec niedobitki ludzkości przed potwornym zagrożeniem. Twoja droga wieść będzie od zapomnianych katakumb głęboko poniżej tuneli metra aż na wymarłe pustkowie na powierzchni, gdzie powodzenie twej misji zadecyduje o losie ludzkiego gatunku.
A jeśli prawdziwe zagrożenie czai się we wnętrzu?