Mysteriöse, fliegende Ninja starten einen Überraschungsangriff auf Konohagakure und richten einen exorbitanten Schaden an.Der Albtraum eines neuen Ninja-Weltkrieges könnte real werden.Doch während Kakashi Hatake, Sai, Shikamaru Nara und Shino Aburame sich aufmachen, den Stützpunkt des Feindes ausfindig zu machen, sollen Naruto Uzumaki, Sakura Haruno und Hinata Hyuuga den Arzt Shinnou und seine Schülerin Amaru in Amarus Dorf begleiten, um dort mehr über die Himmel-Shinobi herauszufinden.
Doch Shinnou spielt ein falsches Spiel...