Tokio vive in una sorta di collegio protetto da spesse mura. Come i suoi compagni, segue ogni giorno lezioni tenute da robot professori, e trascorre serenamente il tempo libero chiacchierando e giocando con gli amici. Tutti gli studenti sembrano possedere però dei "talenti" particolari, e pian piano la curiosità verso il mondo esterno si unisce a misteriosi presentimenti, movimentando la quiete del loro piccolo paradiso. Maru vaga per le rovine di quella che una volta era chiamata "Tokyo" assieme alla bella ed enigmatica Kiruko, in un mondo desolato popolato da bizzarre e letali creature – ma anche da umani sopravvissuti disperati e pronti a tutto. Tokio e Maru sono identici nell'aspetto, eppure sembrano non conoscersi affatto. Quale sarà il loro legame? I loro destini saranno destinati a incrociarsi? E cosa nasconde l'avvenente ma mascolina Kiruko? A causa di un improvviso attacco di origine sconosciuta, l'istituto Takahara è stato gravemente danneggiato. La direttrice, per nulla intenzionata a rinunciare al suo piano, assale Tokio e il suo bambino. Lasciatisi alle spalle la Struttura di Ibaraki, Maru e Kiruko puntano alla prossima meta del loro viaggio a bordo della Kirukomaru 11. Lungo la strada incontreranno ben presto nuovi pericoli, mentre tutti gli elementi della storia cominciano finalmente a collegarsi tra loro.