Pływaj łodzią, wspinaj się, wchodź w interakcje i eksploruj spektakularne ruiny zatopionego świata. Submerged: Hidden Depths jest wolną od walki przygodą "relaksploracyjną" z perspektywy trzeciej osoby. Akcja osadzona jest w w zatopionych ruinach atrakcyjnego świata. Wciel się w Miku – noszącą przeklętą moc, którą próbuje wykorzystać w prawidłowym celu, i Taku – zdeterminowanego, żeby moc ta ich nie rozdzieliła.